cyt = exportNetworkToCytoscapeTOM edgeFile = pasteedgestxt sep= nodeFile = pastenodestxt sep= weighted = TRUE threshold = 05 nodeNames = probes nodeAttr

这个错误提示是因为在判断文件名是否为空的时候，条件的长度大于1，导致无法确定要执行的分支。具体原因可能是参数edgeFile或nodeFile传递了一个长度大于1的向量。

解决这个问题，你可以检查一下edgeFile和nodeFile参数的值是否正确。确保它们都是单个文件名的字符串。如果你想要导出多个文件，你可能需要使用循环来逐个导出。另外，你也可以通过调用exportNetworkToCytoscape函数的方式来分别导出边和节点文件。

此外，你还可以检查一下probes和moduleColors参数的值是否正确，确保它们都是长度为1的向量。