修改这段文字正如您所提到的癌症包括肝癌基因组的甲基化是非常复杂的问题依然存在许多问题困扰着我们。例如启动子区甲基化变化与基因表达一定具有相关性吗？有多大比例是相关的？在启动子区有多大比例的启动子更倾向于用传统的负调控来解释？在甲基化调控的选择性启动子中哪些选择性启动子可能在肿瘤进展中发挥作用？

如您所提到的，癌症（包括肝癌）基因组的甲基化是一个非常复杂的问题，仍然存在许多困扰着我们的未解之谜。例如，我们仍然不确定启动子区的甲基化变化与基因表达之间是否一定存在相关性，以及这种相关性的比例是多少。此外，我们也不清楚在启动子区中，有多少比例的启动子更倾向于通过传统的负调控来解释。在甲基化调控的选择性启动子中，我们还需要了解哪些选择性启动子在肿瘤进展中可能发挥作用。