为了在一个特定的靶向位点上进行DNA甲基化研究人员将来自DNA甲基化转移酶DNA methyltransferaseDNMT家族的DNA甲基化结构域与dCas9融合靶向增加DNA的甲基化水平从而实现长期的基因沉默141 142。除了靶向DNA甲基化外内源性DNA去甲基化是由TETten-eleven translocationTET蛋白介导的143将TET1催化结构域与dCas9融合可以选择性地去

这些研究人员利用了dCas9的靶向能力，将其与DNA甲基化结构域或TET酶催化结构域融合，从而实现对特定靶向位点的DNA甲基化或去甲基化。通过这种方式，他们可以调控基因的表达，实现基因沉默或上调。这种技术在治疗癌症和减轻肾脏纤维化方面已经显示出潜力。

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