Rosetta 配体原子命名匹配与起始坐标指定指南

Rosetta要求原子名称与'molfile_to_params.py'步骤中生成的名称匹配。即使具有正确放置了配体的起始结构，也应该将'molfile_to_params.py'生成的结构对齐到口袋中，以便原子命名正确。

在进行蛋白设计时会包含蛋白与配体的多次对接，因此需要先指定配体每个原子的起始坐标，这样配体才能在指定的对接盒子中移动和扭转，与结合口袋发生相互作用。

为此，只需要在PyMOL中打开蛋白结构、以及前文Rosetta选定的其中1个配体构象'LIG.pdb'，将配体移动至结合口袋内即可。

为了提高定位的准确性、缩小对接需要搜索的空间范围，在PyMOL中打开含原配体Glu的蛋白结构'2VHA.pdb'和'LIG.pdb'，将鼠标操作改为编辑模式，移动和旋转'LIG.pdb'，使之与'2VHA.pdb'中的原配体Glu在羧基处大致重合，如下图所示。

[图片说明：配体与原配体Glu在羧基处重合的示例]

这段文字在讲述如何将配体的原子名称与蛋白中的原子名称匹配，并且指定配体的起始坐标，以便进行蛋白与配体的对接。建议在PyMOL中打开蛋白结构和配体构象，并将配体移动到结合口袋内。为了提高对接的准确性，建议将配体与原配体Glu在羧基处大致重合。