Rosetta Protein-Ligand Docking 命令行参数详解

这是一个 Rosetta 软件的命令行参数，用于进行蛋白质-配体对接的计算。具体含义如下：

-run:preserve_header true: 保留输入 PDB 文件的头部信息。

-in: 输入文件参数。

-file: 指定输入文件。

-s: 指定输入的蛋白质结构文件。

-native: 指定输入的蛋白质天然构象文件。

-extra_res_fa: 指定额外的参数文件，这里包括配体的参数文件和金属离子的参数文件。

-out: 输出文件参数。

-pdb: 输出 PDB 格式的文件。

-file: 指定输出文件。

-renumber_pdb: 重新编号输出的 PDB 文件。

-packing: 控制蛋白质侧链构象的优化。

-no_optH: 不优化氢原子的位置。

-ex1: 优化侧链的 1 号自由度（旋转角度）。

-ex1aro: 优化芳香环的 1 号自由度。

-ex2: 优化侧链的 2 号自由度（扭曲角度）。

-docking: 控制配体的对接过程。

-randomize2: 随机生成初始配体构象。

-uniform_trans: 对配体进行随机平移。

-ligand: 指定配体相关参数。

-start_from: 指定配体的初始位置。

-minimize_ligand: 对配体进行能量最小化。

-harmonic_torsions: 使用谐振角模型对配体的扭曲角度进行约束。

-mute core.util.prof: 禁止显示计算时间信息。

-mute core.io.database: 禁止显示数据库相关信息。