Bash 脚本：运行 ligand_dock 可执行文件并进行测试

这是一个 Bash 脚本，用于在指定的工作目录下运行名为 'ligand_dock' 的可执行文件，使用指定的参数和数据库进行测试。

cd %(workdir)s
[ -x %(bin)s/ligand_dock.%(binext)s ] || exit 1
%(bin)s/ligand_dock.%(binext)s %(additional_flags)s @flags -database %(database)s -testing:INTEGRATION_TEST  2>&1 \
    | egrep -vf ../../ignore_list \
    > log

test "${PIPESTATUS[0]}" != '0' && exit 1 || true  # 检查管道中的第一个可执行文件是否返回错误，如果是则退出并返回错误代码

脚本首先检查 'ligand_dock' 可执行文件是否存在，如果不存在则退出脚本。然后，脚本使用指定的参数和数据库运行 'ligand_dock' 可执行文件，并将标准错误输出重定向到标准输出，并使用 'egrep' 命令过滤掉 'ignore_list' 文件中的内容，最终将输出结果写入到 'log' 文件中。

最后，脚本检查管道中的第一个可执行文件（即 'ligand_dock' 可执行文件）是否返回非零退出码，如果是则脚本也会返回非零退出码。

该脚本适用于对 'ligand_dock' 可执行文件进行集成测试，并记录测试结果。