Rosetta输出PDB文件中的'total'得分代表什么？

在Rosetta软件输出的PDB文件中，经常可以看到类似这样的文本：

All scores below are weighted scores, not raw scores.#BEGIN_POSE_ENERGIES_TABLE label fa_atr fa_rep fa_sol fa_intra_rep fa_elec pro_close hbond_sr_bb hbond_lr_bb hbond_bb_sc hbond_sc dslf_fa13 atom_pair_constraint coordinate_constraint angle_constraint dihedral_constraint rama omega fa_dun p_aa_pp yhh_planarity ref totalweights 1 0.55 0.9375 0.005 0.875 1.25 1.17 1.17 1.17 1.1 1.25 1 1 1 1 0.25 0.625 0.7 0.4 0.625 1 NApose -2623.32 669.879 1455.27 14.3262 -251.303 20.0488 -138.884 -70.4627 -60.7532 -49.83 0 62.9881 0 64.2242 0 -33.7517 85.2179 901.494 -54.8228 5.78423 -27.0282 -30.9272

其中的'total'代表了整个蛋白质构象的综合得分，也称为Rosetta能量得分。

这个得分如何计算？

它是通过对蛋白质构象的各种能量项进行加权求和得到的。这些能量项包括：

• fa_atr：吸引力* fa_rep：排斥力* fa_sol：溶剂化能* fa_intra_rep：分子内非键相互作用* fa_elec：静电力* ...等等

'total'得分有何意义？

'total'得分主要用于评估蛋白质构象的稳定性和质量。得分越低，表示蛋白质构象越稳定，质量越高。

'total'得分与配体有关吗？

'total'得分主要反映了蛋白质自身的能量和构象，与蛋白质结合的小分子（配体）的相关性较小。

总结:

Rosetta输出PDB文件中的'total'得分是蛋白质构象的综合评估指标，得分越低表示构象越稳定。它主要反映蛋白质自身性质，与配体关系不大。