Python 脚本:快速进行氨基酸序列突变
以下是一个用于快速针对氨基酸序列进行突变的 Python 脚本示例。该脚本可以接受以 tsv 格式输入的突变信息,并输出突变后的氨基酸序列。
import csv
def mutate_sequence(sequence, mutation):
mutated_sequence = list(sequence)
position, mutation_type = mutation.split('2')
mutated_sequence[int(position)-1] = mutation_type
return ''.join(mutated_sequence)
def main():
sequence = input('请输入氨基酸序列:')
mutation_file = input('请输入突变信息文件名:')
mutations = []
with open(mutation_file, 'r') as file:
reader = csv.reader(file, delimiter=' ')
for row in reader:
mutations.append(row[0])
for mutation in mutations:
mutated_sequence = mutate_sequence(sequence, mutation)
print(f'突变 {mutation} 后的序列为:{mutated_sequence}')
if __name__ == '__main__':
main()
使用方法:
- 运行该脚本后,首先输入要突变的氨基酸序列,例如'PLKAS'。
- 然后输入包含突变信息的 tsv 格式文件名,例如'mutations.tsv'。tsv 文件应该只包含一列,每行代表一次突变,格式为'位置2突变类型',例如'L2P'。
- 脚本将输出每次突变后的氨基酸序列。
请确保在运行脚本之前已经安装了 Python 环境,并将突变信息保存在正确的 tsv 文件中。
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