在为结构不同的分子重新设计结合口袋之前我们在结构相似的分子上建立了我们的机器学习管道图 S1；表 S1；数据 S1；STAR 方法。作为我们传感器的起始支架我们选择了 iAChSnFR 的早期版本该版本基于来自超嗜热菌 Thermoanaerobacter sp 的结合胆碱的 PBP OpuBC 。X513 米勒等人2011 年 此外该变体显示可检测到与 5-HT 的结合表观 K d 1 mM图
本文使用机器学习方法重新设计了分子的结合口袋，以提高其对目标分子的敏感性。首先，在结构相似的分子上建立了机器学习管道，然后选择了iAChSnFR作为起始支架进行改进。通过多级流水线迭代改进，最终得到了对5-HT结合敏感的传感器。其中，使用了Rosetta进行计算绑定口袋重新设计，并在机器学习的指导下进行SSM迭代。
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