在rosetta设计蛋白质之前我想对一个蛋白质结构进行快速的relax帮我写一个FastRelax的脚本

以下是一个简单的FastRelax脚本，使用rosetta自带的FastRelax算法进行快速松弛：

#!/usr/bin/env python

import os
import sys

# 设置Rosetta环境变量
rosetta_path = "/path/to/rosetta"
os.environ["PATH"] = os.environ["PATH"] + ":" + rosetta_path
os.environ["LD_LIBRARY_PATH"] = os.environ["LD_LIBRARY_PATH"] + ":" + rosetta_path

# 导入Rosetta模块
from pyrosetta import init, pose_from_file
from pyrosetta.rosetta.protocols.relax import FastRelax

# 初始化Rosetta
init()

# 读入蛋白质结构
pdb_file = sys.argv[1]
pose = pose_from_file(pdb_file)

# 创建FastRelax对象并设置参数
fr = FastRelax()
fr.set_scorefxn(pose, "score12")
fr.set_movemap(pose, "automatic")
fr.set_tolerance(0.01)

# 进行relax
fr.apply(pose)

# 输出relax后的结构
relaxed_pdb_file = pdb_file[:-4] + "_relaxed.pdb"
pose.dump_pdb(relaxed_pdb_file)
print("Relaxed structure saved to", relaxed_pdb_file)

使用方法：

python fastrelax.py input.pdb

其中，input.pdb为待relax的蛋白质结构文件。脚本会输出relax后的结构文件，命名为input_relaxed.pdb