plink --r的计算原理

plink --r计算原理是基于LD（Linkage Disequilibrium）的概念，LD表示两个基因座之间的联系程度，即它们是否经常一起出现在同一染色体上。plink --r计算出的是两个基因座的r值，r值的范围为-1到1，其中0表示两个基因座之间没有联系，1表示两个基因座完全联系，-1表示两个基因座之间具有完全相反的联系。plink --r计算过程中，需要先计算出基因座对的频率，然后计算出它们之间的D值，最后通过D值计算出r值。该计算方法可以用于研究基因座之间的遗传联系，并可以应用于基因关联分析、基因组学研究等领域。