使用 R 语言和 APSIM 模型模拟不同经纬度的土壤信息

本代码使用 R 语言和 APSIM 模型，通过读取 CSV 文件中包含的经纬度和土壤信息，模拟不同地理位置的土壤条件，并输出结果到新的 CSV 文件。

代码

library(data.table)

# 链接 apsim.exe
apsim_exe <- 'D:/APSIM/APSIM710-r4158/Model/APSIM.exe'

# 读取包含经纬度和土壤信息的 CSV 文件
soil_info <- fread('path/to/soil_info.csv')

# 循环运行每个经纬度的土壤信息
for (i in 1:nrow(soil_info)) {
  
  # 读取 apsim 文件
apsim <- readLines('D:/APSIM_work/scenario_585/SW/chuan_HT33.apsim')
  
  # 替换经纬度和土壤信息
  lat <- soil_info$Lat[i]
  lon <- soil_info$Lon[i]
  apsim[4] <- gsub('57237', lat, apsim[4])
  apsim[5] <- gsub('104.05', lon, apsim[5])
  apsim[10] <- gsub('5.5', soil_info$Sand[i], apsim[10])
  apsim[11] <- gsub('2.4', soil_info$Clay[i], apsim[11])
  apsim[12] <- gsub('1.3', soil_info$OM[i], apsim[12])
  apsim[13] <- gsub('9.6', soil_info$BD[i], apsim[13])
  
  # 创建新的 apsim 文件
  file_apsim <- paste0('D:/APSIM_work/scenario_585/SW/chuan_HT33_run_', i, '.apsim')
  writeLines(apsim, file_apsim)
  
  # 运行模型
  system(paste(apsim_exe, file_apsim), wait = TRUE, ignore.stdout = TRUE, show.output.on.console = FALSE)
  
  # 保存输出文件
  file.copy('D:/APSIM_work/scenario_585/SW/chuan_HT33.out', paste0('D:/APSIM_work/result585_radn/SW/HT33/', i, '.out'))
  
  print(i)
}

# 将所有输出文件合并成一个 CSV 文件
out_files <- list.files('D:/APSIM_work/result585_radn/SW/HT33/', pattern = '.out', full.names = TRUE)
out_all <- data.table()
for (file in out_files) {
  out <- fread(file, skip = 2, sep = '\t')[, list(Day, Year, Radn, Rain, MaxT, MinT)]
  out_all <- rbind(out_all, out)
}
setnames(out_all, c('Day', 'Year', 'Radn', 'Rain', 'MaxT', 'MinT'))
fwrite(out_all, 'path/to/result.csv')

代码说明

首先，需要读取包含经纬度和土壤信息的 CSV 文件。
然后，循环遍历每个经纬度，读取 apsim 文件，并替换其中的经纬度和土壤信息。
创建新的 apsim 文件，并运行模型。
保存输出文件。
最后，将所有输出文件合并成一个 CSV 文件。

注意

代码中需要根据实际情况修改文件路径和参数。
确保已经安装了 data.table 包。
确保已经安装了 APSIM 模型，并且 apsim_exe 的路径正确。

扩展

本代码可以进一步扩展，例如:

可以添加更多参数，例如植物种类、肥料种类等。
可以使用其他方法读取和处理土壤信息，例如数据库连接。
可以将输出结果进行可视化分析。

希望本代码可以帮助您了解如何使用 R 语言和 APSIM 模型进行土壤模拟。